作物保护原则是BCI Principles and Criteria v3.2的第三项原则，包含五项Criterion和23项Indicator。它覆盖病虫害综合治理、农药合法性、高危农药淘汰、环境危害减缓以及农药处理、储存和施用安全。
病虫害综合治理
Criterion 3.1要求生产者制定并实施书面IPM策略。策略至少应覆盖：
- 选择适合当地条件、能降低主要病虫害易感性的品种；
- 培育健康作物并保护有益生物；
- 定期监测作物健康、病虫害和有益生物数量；
- 优先采用生物、物理和栽培措施；
- 仅在达到经济阈值或其他明确防治阈值时使用农药；
- 如使用农药，优先低毒有效成分并管理抗药性。
IPM不是“完全不用农药”。标准要求先建立监测和决策体系，在病虫害达到阈值时合理使用，并尽量减少对人类健康和环境的风险。
农药登记与标识
Criterion 3.2要求农药经过国家登记，并具有合法、可理解的标签。生产者须按照登记作物、剂量、施用方法、安全间隔和标签要求使用。
高危农药
Criterion 3.3把高危农药管理拆成两项要求：
- BCI Prohibited Pesticides List上的农药不得使用；
- 对欧盟GHS分类为致癌1A/1B、致突变1A/1B或生殖毒性1A/1B的CMR农药，须实施逐步淘汰计划，并在2028年或更早完成淘汰。
BCI还维护CMR农药清单和高环境危害农药清单。极高危农药在特殊情况下只能按照Highly Hazardous Pesticide Exceptional Use Process申请例外使用；例外需有明确条件、控制和期限。
Criterion 3.4要求，如果使用高环境危害清单中的农药，生产者须实施措施降低水体、土壤、非目标生物和周边社区风险。措施可涉及施用时间、天气条件、缓冲带、设备和废弃物管理。
处理、储存与施用
Criterion 3.5对农药人员、个人防护、储存、混合、施用、容器和废弃物提出要求。准备和施用农药的人员须：
- 身体健康；
- 接受过技能和安全培训；
- 年满18岁；
- 不处于怀孕或哺乳期。
最低个人防护装备须保护面部和呼吸道、四肢以及腹部和生殖区域，防止皮肤吸收、摄入和吸入。生产者须采取措施提高适当PPE的实际使用率。
农药须存放在安全、通风、可锁定且与食品、饲料、水源和生活区域分开的地点。空容器、剩余药液、清洗废水和过期农药不得随意倾倒、焚烧或重复用于食品和饮水容器。
审核证据
审核会查看IPM策略、病虫害监测记录、农药购买和使用记录、库存、标签、产品清单、例外使用文件、施用人员培训、PPE、储存设施、容器处理和农民访谈。禁用农药在库存、使用记录或田间证据中出现，可能直接构成严重不符合。
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